Wenn es ein landuse=* gibt, welches das natural=water umschließt, und dies gleichzeitig schon als outer eines Multiplygones besteht, ist deine vermutung richtig. Allerdings musst du nicht nochmal ausschneiden, sonder die Wasserfläche als inner zum MP hinzufügen.
Ausgerechnet das gewässer in der Mitte deines links ist noch kein inner vom MP http://www.openstreetmap.org/browse/relation/421090, die beiden anderen rechts und links jedoch schon, wobei der rechte noch eine Insel hat. Klassisches Lehrstück…