Валидатор населённых пунктов и границ (https://atd.openstreetmap.ru) существует с 2013 года.
Сейчас содержит 1266 муниципальные районы, 436 городских округов, 614 муниципальных округов, 13407 сельских поселений, 1062 городских поселения, 1026 городов, 1243 ПГТ, 152741 сельских НП.
За почти 12 лет удалось сопоставить 99.5% населённых пунктов, осталось 0.5%. Может поднажмём?
Список не прошедших в валидаторе населённых пунктов здесь - Населённые пункты не найденные в валидаторе . Либо ошибки в названиях, либо в границах, либо не найдены вообще.