Die Layer-Geschichte (Punkt 1) kommt wohl vor allem darauf an, ob der “Tunnel” wirklich ein Tunnel ist, oder ob es ein Gebäude ist. Die Autobahn verläuft nach wie vor auf der ursprünglichen Höhe, ebenerdig mit den anschliessenden Quartieren.
Wenn wir die Tunnelstruktur als Gebäude sehen (mit begrüntem Dach), wäre das ja eine tunnel=building_passage und der Überlandpark damit mit layer=1 und der Tunnel mit layer=0 (bzw. einfach nichts) zu versehen.
Wenn wir den Tunnel wirklich als Tunnel ansehen (und die Struktur sozusagen als Teil der Landschaft), dann wäre die Autobahn mit layer=-1.
Einfachheitshalber würde ich letzteres bevorzugen, auch wenn ich rein logisch gesehen erstere Variante bevorzugen würde. Es ist allerdings abzusehen, dass beim Überlandpark deutlich mehr Elemente gemappt werden, als auf der Autobahn, man müsste also praktisch überall layer=1 hinzufügen, was mit der Zeit dann doch anstrengend wird. Dann ist es einfacher, die paar Autobahnstücke mit layer=-1 zu taggen und die Sache ist erledigt. Auch wäre es damit einfacher, den Pavillon zu mappen, wenn wir die Tunnelstruktur nicht auch als Gebäude sehen (ein Gebäude auf einem Gebäude wäre irgendwie komisch). Die Wiki-Seite zu layer besagt auch, dass der Key eigentlich nur auf Brücken, Tunnels etc. genutzt werden sollte.
Punkt 2: Layer ist grundsätzlich nur dort nötig, wo sich Dinge überschneiden und der Renderer wissen sollte, was oben und was unten ist. Ist also nicht überall nötig, bei einzelnen Nodes praktisch gar nicht.
Punkt 3: Mir fiele da gerade nichts Spezifisches ein. Einfach ganz normal nach deinem Gusto.
Punkt 4: Einfach das machen, was du weisst, den Rest mal so belassen, bis du es verifizieren kannst.
Punkt 5: Rom wurde auch nicht an einem Tag erbaut ;D