О проблеме уже задал вопрос здесь: http://forum.openstreetmap.org/viewtopic.php?pid=313083#p313083
К сожалению, я ничего поделать не могу. База у меня состоит из того, что вырезано на gis-lab. И фильтровать это самостоятельно - это целый скрипт по вырезанию писать надо, с проверкой нахождения точки внутри полигона (та ещё математика!).
Да и странно это, выполнять работу дважды (если я качаю EE.osm.bz2, то ожидаю, там будет Эстония, ну максимум пускай километр запас будет, но никак не такой огроменный по меркам нашей страны кусок!)
(update)
Отфильтровал по алгоритму проверки наличия текста на картинке. Осталось 385 домиков всего.