Мой practice:
name - Торговая марка, т.е. Лукойл, Татнефть, Роснефть, пр.
operator - собственно говоря управляющая компания, у меня встречался, например, Татнефть АЗС-Центр.
amenity=fuel не стоит ставить на точку в вее. Я ставлю примерно там, где находится здание АЗС.
Ну а по второму пункту, каждый делает как считает нужным. Я сам иногда отрисовываю территорию с тегами highway=service+area=yes (и при этом еще сам highway=service через территорию АЗС), а иногда нет