Laut Wiki heißt lcn=yes an einem Weg
Designates that a road or path is part of an Local Cycling Network route
Und für eine Relation bedeutet es
Specify the network as […] a local route
Ich sehe da jetzt keinen Widerspruch. Dass lcn=yes an einem Weg dann zumindest in Deutschland bedeuten würde, dass der Weg Teil des Grundnetzes ist, ergibt sich automatisch daraus, dass alle anderen Radrouten als Relationen erfasst sind. An der empfohlenen Renderreihenfolge würde es auch nichts ändern. Vermutlich ist es ein rein akademisches Problem, ja. Da man multiple Relationen nicht 1:1 an Wegen darstellen kann, muss man zu solchen Kompromissen greifen dürfen 
Dieselbe Diskussion könnte man übrigens auch für Knotenpunktnetzwerke führen, aber das würde zu weit führen. Ich will auch gar nicht sagen, dass Relation besser als Tags am Weg ist, oder umgekehrt, sondern dass beides erlaubt und als gleichwertig betrachtet werden sollte.