Die Hauptorte in die Gemeinde-Grenzrelationen als admin_centre aufzunehmen macht aus meiner Sicht durchaus Sinn. Es wäre eine logische Weiterführung der gängigen Praxis bei übergeordneten Verwaltungsebenen wie z.B. Bezirken und Bundesländern. Als Hauptort würde ich, so wie von Nielkrokodil vorgeschlagen, den Ort wo sich das Gemeindeamt bzw. das Rathaus befindet wählen - die größe des Ortes spielt dabei keine Rolle.
Bei der Erfassung von population=* würde ich mich danach orientieren, welche Einheit (Ort, Gemeinde, Bezirk,…) das jeweilige Objekt (place-Node, Relation) repräsentiert und die entsprechende Zahl eintragen. Allerdings gibt es, soweit ich weiß, derzeit keine osm-kompatible Datenquelle zu österreichischen Einwohnerzahlen - aber vielleicht kommt da etwas in Bewegung.