В каждой папке должно быть по одному файлу. Создайте вместо UA две папки, например UA-UA и UA-RU (UA тогда удалить), либо просто UA и UA-RU.
Т.к. uid - это числовое представление code, а он должен быть уникальным, то и две карты с одинаковым code быть не может.
maplist.xml генерируется автоматически, все папки индексируются раз в 5 минут.