„Ways wo die nodes fehlen“ gibt es nicht, da ein Way sich über seine Nodes definiert. Sobald ein Way in JOSM angezeigt wird, sind sämtliche Nodes, die zu ihm gehören, im Speicher. Nicht im Speicher sind allerdings kreuzende Ways, die mit diesem Way shared nodes haben und noch außerhalb des Bereiches liegen. Deshalb kommt dann eine Warnung (ich weiß grad nicht, ob es genau diese Warnung ist).
Für Näheres müßte man deine Datei mal sehen. Kannst du Screenshots hochladen oder die osm-Datei selbst?
Ok, habe mir ein kleines Script gebastelt, welches mir die OSM Datei bereinigt (invalide Referenzen aus den Ways löscht), damit ist dieser Effekt verschwunden:
--keep-nodes=
place=city
=town
--keep-ways=
--keep-relations=
( type=route and route=bicycle and ref=nrw )
( type=route and route=bicycle and ref=NRW )
( type=route and route=bicycle and ref=Nrw )
( type=route and route=bicycle and name=Wabe* )