Auffällig ist, dass alle Brücken darüber einmal als
highway=… mit bridge=yes und layer=1
und dann als flächiges
man_made=bridge, aber ohne layer=1 erfasst sind.
Bist Du sicher, dass dein Stil in Maperative die richtige Darstellungsreihenfolge hat? Man darf die Daten schließlich auch unlogisch dastellen, wenn es für die Anwendung sinnvoll ist. Zum Beispiel werden Läden normalerweise auf Gebäuden gerendert, obwohl sie meist in Gebäuden liegen
Die eigentliche Brücke: https://www.openstreetmap.org/way/569436534 sollte auch layer=1 bekommen, wie die Wege auf den Brücken (bridge=yes und highway), bisher hat sie einen impliziten layer=0
Bei dem Beispielbild des OP ist das ggf. das Problem, wobei man es im Rendering in diesem Fall auch so besser machen könnte (indem man Brücken immer über waterways auf demselben layer rendert). https://ibb.co/yqRjNnp
Auf jeden Fall muss eine als Fläche eingetragene Fläche den gleichen layer erhalten wie der als Linie eingezeichnete Weg. Sonst wäre ja die Brückenfläche auf der gleichen Ebene wie das Wasser.