Es gibt da eine ganz spannende Entwicklung im GIS-Umfeld: Topologien. Dabei handelt es sich um Datenstrukturen, die genau solche Objekte behandeln können.
Die ersten Projekte erscheinen schon und auch in PostGIS und qGis sind die ersten Spuren zu erkennen.

z.B. werden die bei uns ach so beliebten durch Multipolygone dargestellten Grenzrelationen da “ganz einfach” abgehandelt.
nur mal so zum Reinschnuppern: http://strk.keybit.net/blog/2012/04/13/simplifying-a-map-layer-using-postgis-topology/

Ist nun wirklich - noch - nicht mein Spezialgebiet, aber ich finde, diese Sache hat Zukunft.

Gruss
Walter