Мы говорим про конкретный полигон, а не слой вообще. Разберем этот случай. По моему опыту использования этих данных:

1 вариант: не импортировать этот пункт вообще. Если полигон наложился на один НП, а рядом другой и вы ну ни как не уверены, где он должен быть - конечно импортировать нельзя. Возможно есть еще какие-то свободные источники, где можно подчерпнуть информацию для разрешения этой дилеммы (я рылся в описаниях, часто пункты находящиеся рядом и упоминаются в текстах). Но по большому счету если есть сомнения - просто пропустите, не переносите.

2 вариант: если понимание есть, импортировать и перерисовывать НП (так делал я) Сдвига разумеется недостаточно, еще раз - это миллионка.

Мне сильно помогало наличие IRS, но в принципе для больших пунктов и по Ландсату можно перерисовать. Я перерисовал границы практически всех.