Ich möchte meine Frage selbst beantworten.

Mit GPS TrackMaker geht es (allerdings habe ich nur dann keine Abstürze, wenn ich es als Administrator starte)

  1. Man lade das SHP File
  2. Man selektieren den interessierenden Bereich
  3. Edit → Copy
  4. File → New File
  5. Edit → Paste
  6. Alles als GPX speichern

Etwas einfacheres (und kostenloses) habe ich nicht gefunden

Auch MapEdit kann mit SHP-Files umgehen (einfach den Filenamen eingeben, unter den unterstützten Files sind SHP nicht enthalten.
Man kann auch Ausschnitte speichern - aber nur in der registrierten Version

jomu