Also für alle die mal das gleiche Problem haben. hier meine bash Datei mit der ich die CIAT Daten in kleinere Dateien zerlegen konnte und dann in Shapefiles wandeln konnte:
In kleinere Dateien zerlegen:


#!/bin/bash
for (( I=-10; $I<=30; I++ ))
   do
   for (( J=60; $J>=35; J-- ))
      do
      let nexti=$I+1
      let nextj=$J-1
      echo $nexti
      echo $nextj
      echo europa_${I%%}_${J%%}
      gdal_merge.py -v -o /home/bergsport/RAID/tileserver/data/contours/extracted/europa_${I%%}_${J%%}.tif -ul_lr $I $J $nexti $nextj /home/bergsport/RAID/tileserver/data/contours/extracted/*.tif
   done
done

Ihr müsst halt dann einfach noch euer Verzeichnis anpassen. Betriebssytsem: Ubuntu Lucid Lynx

Viel Erfolg und vielen Dank an Nop