Зробив табличку і карту сотні найдовших waterway-ліній з ненульовим layer. Ігноруються waterway=dam і waterway=weir(бо це взагалі не waterway і для них часто допустиме layer=1), або ті у яких є тег tunnel=, а також ті у яких є bridge=aqueduct(Коктебельський аквапарк).
Схоже, що для усіх знайдених ліній дійсно треба просто видалити layer=, але варто дивитися. Оновлення щогодини.
udarnyk, а який алгоритм для бота ви пропонуєте для видалення layer=*?