Объект (точка, вей, мультиполи) отображается зачёркнутым только если вы его удалили из базы в пакете правок. Если же вы его переместили или изменили тэги, но он остаётся в базе в изменённом виде, он не перечёркивается.
“Накрывание” на пересечениях через правки не победить. Это особенность конфигурации рендера на главной странице ОСМ.
