Что значит, что граница физически проходит прям не огибая ЗАТО? Границы проходят именно так, как указано в приказах. То есть, если граница проходит не огибая, то это значит, что половина Территории ЗАТО находится под властью Астраханской области, а половина под Волгоградской. Но мне почему-то кажется что это не так.
Вы уточните кому именно принадлежит та территория (какому субъекту федерации) и в зависимости от этого надо и рисовать админ границы.