А в чём противоречие? Вот и посмо́трите: на Днепр и на водохранилища — отдельно. В том прелесть отношения waterway, что можно работать именно с самой рекой (русло и акватория), не трогая лишнее. При этом не важно, сколько разрывов: всё необходимое на отношении висит, исключая кашу из отрезков с кучей разношёрстных тегов. Сейчас кто во что горазд: кто-то добавляет названия на полигоны (речные), русла рек трассируют сквозь озёра/водохранилища. Река сначала впадает в водоём, а потом — вытекает, причём, может изменить название при этом. Это два разных объекта гидрографии. Объединяет их формально — название, а физически — та запруда (естественная или искусственная), с которой они сопряжены.