Vort, вы к четырём совершенно надуманным доводам прибавили ещё два.
Кому «трудно» работать или «невозможно» обслуживать — не делают этого (это ведь не трудно — не делать ничего?). Также, как мало кто занимается созданием маршрутов ОТ, например, или тегированием под 3-D рендеринг, или indoor. Кстати, упомянутое обслуживание становится проще, потому что появляется возможность одним движением мыши загрузить полный набор данных по отдельной реке.
О какой избыточности речь? В отношение включается (на мой взгляд — совершенно естественным, логичным образом) то, из чего состоит водный объект «река».
«Падение/уничтожение» приложений — откуда сведения о таких последствиях и при чём тут wikipedia? Все известные мне приложения замечательно справляются с отображением полигонов и мультиполигонов воды, а включение их в другое отношение никаким образом повлиять на это не может.
Водохранилище или озеро — самостоятельные объекты (другие сущности, со своими названиями обычно), сопряжённые с рекой. На мой взгляд их включать не стоит.
В местах впадения очерчиваем траекторию течения основной реки (в кот. впадает другая). Примерно как на нестандартном перекрёстке рируют разметку полос для движения. Нет в этом никакой проблемы, зачем их выдумывать и притягивать за уши?