Файл, конвертированный из внешнего источника в формат OSM и не взятый из базы OSM, должен иметь id, не пересекающиеся ни с одним id в базе OSM (для чего обычно используются отрицательные id). Тогда конфликтов на уровне данных не будет вообще. Надо будет просто пофильтровать эти данные вручную (если в OSM в указанном месте уже что-то есть, то не надо загружать ещё одну копию), потом объединить слои и уже тогда довести до ума.