Да, контраст - не супер, хотя жить можно. И когда вы результат для закачки сохраняете, включайте чекбокс transparent background, предварительно выбрав черный цвет - ключевым для прозрачности.

Вот такая команда

convert "Sentinel 2 37UEB RGB 2016-6-18.tif" -contrast-stretch 0.3x0.2% -depth 8 temp_rgb.tif

делает то же, что аналогичная операция в GM, принимая на входе RGB растр 16 бит на канал, только позволяет отдельно указывать, сколько отбрасывать от гистограммы в тенях (0.3 в данном случае) и в светах (0.2), сохраняя в формате 8 бит на канал.

Вот такая команда

convert  B04.jp2 B03.jp2 B02.jp2 -set colorspace RGB -depth 16 -combine -set colorspace RGB "Sentinel 2 37UEB RGB 2016-6-18.tif"

собирает из отдельных каналов один файл с 16-битными каналами. Требует ImageMagick.

Сохранять и восстанавливать привязку можно в том же GM, открыв сначала любой из каналов, сохранив из диалога Rectify информацию в world-файл, а из диалога настройки системы координат - prj-файл. Обратно прицепить их также можно там, если результат открыть в GM (предварительно переименовав world-файл и prj-файл, чтобы их имена совпадали с именем растра, а расширения были tfw и prj соответственно), а потом просто пересохранить результат в GeoTIFF.