Согласно https://sentinel.esa.int/web/sentinel/user-guides/sentinel-2-msi/processing-levels/level-1 продукт L1C ортокоррекцию проходит (а я использовал именно его, не знаю на счет того, что использовали другие).
Перепривязывать снимки не нужно, привязку они содержат. Если где-то уползает слегка (на пиксель-полтора) - всегда можно воспользоваться функцией смещения в JOSM.
