Примеров можно найти массу, в разные стороны: вот например граница кадастровых округов Архангельской и Мурманской областей, однако в уставе Архангельской области пишут:

Хотя да, возможно какая-то разница между кадастровыми округами и субъектами есть.

Или вот например Спб, http://www.consultant.ru/online/base/?req=doc;base=SPB;n=92960 + схема. Цитирую:

То есть ВСЯ территория Санкт-Петербурга делится на районы, и получается что финский залив не попадает в территорию Спб.
Или вот еще - территория Спб расширяется за счет финского залива.

Вопрос, хороший. По идее это должны были быть ФЗ, но я судя по тому что в уставах субъектов ссылаются на устоявшееся деление таких законов в РФ нет, это наверное отсылки еще в СССР.

Отчего же? В законе “О внутренних морских водах, территориальном море и прилежащей зоне Российской Федерации” это “линия наибольшего отлива”.