Не совсем с Вами согласен. Хранить маршруты можно и в базе данных ОСМ. Она достаточно универсальна и позволяет хранить все связанные данные в одном флаконе. Это удобно. А вот для показа, поиска маршрутов и навигации нужна другая база, скорее всего локальная, в которую будет делаться импорт данных из общей базы ОСМ. Тут ситуация один в один с навигаторами.
Ну а для редактирования маршрутов нужна соответствующая утилита. Счас проблема не в многоэтажных отношениях. Они даже недостаточно многоэтажные 
Просто мы пытаемся редактировать данные на уровне таблиц БД, а не бизнес-сущностей и ругаемся