Лучше рядом две линии. Всё таки карта у нас плоская, поддержки реальных уровней в ближайшее время не ожидается. Так и рисовать их рядом - сразу будет видно, что вот метро, вот дорога. И то и то строится.
А тег level служит фактически для указания, какие элементы карты принудительно рисовать поверх других, а вовсе не для кодирования многоуровневости.
