Моё мнение: нужно либо рисовать заливы отдельными полигонами, а соответствующие им участки не включать в основной мультиполигон. Либо помечать заливы каким-то другим способом(например place=locality или waterway=river). В противном случае, любой, кто будет редактировать этот участок и увидев двойное наслоение воды, принять его за ошибку. Да даже если не примет за ошибку, редактировать такое место будет очень геморройно…
UPD: Кстати, использовать тег name на полигонах островов тоже не очень хорошая идея. В мапнике выглядит криво: название рендерится по контуру острова. Вики в таких случаях рекомендует использовать place_name вместо name.