ich habe sowas auch schon in QGIS und einzelnem Referenzieren der Scans gemacht, was aber je nach Grundlage die man dafür hat und Anzahl der Scans viel Arbeit sein kann, und auch nicht unbedingt funktioniert (wenn man zu wenige Punkte findet).
Alternativ habe ich auch schon erst mit Gimp zusammengestückelt, was wenn man die Speichergrenze überschreitet unerträglich wird (und Gimp braucht mehr als nur den rechnerischen Bedarf pixel x bitTiefe, wegen undo und anderen Interna vermutlich, ggf. kann man das tunen). Es empfiehlt sich, so kleine Pakete zu machen dass es noch flüssig läuft, und die dann später in einem zweiten Schritt zusammenzufügen (sofern man Bearbeitungen machen will).

Eigentlich würde man ja gerne systematische Verzerrungen erkennen und beheben, zumindest aber die Kanten sollten zusammenpassen, und die Gesamtgröße und Form (rechtwinklig normalerweise), vielleicht wäre es aber theoretisch auch möglich, z.B. typische Papierverformungen die von der Faserrichtung abhängig sind, rauszurechnen. Mit QGis kann man zwar beliebige Verformungen geradebiegen, aber das erfordert viele und genaue Punkte, sonst werden gerade Linien z.B. krumm. So eine stitchsoftware die auf Scans optimiert ist und wo man entsprechende Punkte der Ränder zuweisen kann, würde mich auch interessieren, falls es das gibt.