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Also wie gesagt Pro4j hat so ein Kommandozeilen Tool, da würde ich nicht unbedingt was selber bauen, es sei denn es passt in deinen Workflow. Ich weiß grade nicht ob die freien GIS Systeme das Einlesen von .CSV unterstützen, denke es aber mal http://www.qgis.org.
Ansonsten gibt es auch noch andere z.B. http://earth-info.nga.mil/GandG/geotrans/