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Ist ebend die Frage ob du die Daten öfters umwandeln willst, dann müsstest du die Pro4j Lib wirklich einbinden und ein bißchen programmieren.
Ansonsten hat das auch ein Kommandozeilen Tool was du denke ich auch im Batch laufen lassen könntest
http://www.jhlabs.com/java/maps/proj/
Ansonsten schaue mal bei der nativen C Lib nach: http://trac.osgeo.org/proj/