Das mit dem layer war schon fast richtig. Besser noch layer=1 für das Tankstellendach, layer=0 (weglassen, 0 ist der Standardwert) für die Straße. layer=0 meint die Erdoberfläche, und da liegt die Straße; das Dach liegt darüber, also layer=1.
Was Mapnik (das Rendering-Programm, das unsere Geodaten in die Standardkartenansicht auf osm.org umrechnet) daraus macht, ist freilich eine ganz andere Geschichte. Mapnik malt in solchen Fällen grundsätzlich die Straße über das Gebäude. Kann man als Bug oder Feature sehen 
Wahrscheinlich haut Dir gleich jemand den Satz “Wir mappen nicht für die Renderer” um die Ohren. Damit ist gemeint: wir erfassen die Dinge so, wie sie sind; eine “schöne” Darstellung ist Aufgabe des Renderers.