Ich habe das Problem weiter eingrenzen können, es muß am 3. Schritt liegen, also dem Zusammenfügen von OSM-Kartendaten und den SRTM-Höhendaten. Ein alleiniges Rendern der Höhendaten (SRTM6.osm) zeigte, dass alle Höhenlinien ordentlich dargestellt werden. Allerdings kann ich auch in der folgenden Zeile keinen Fehler erkennen. 
Osmosis --rx C:\OSM.osm --s --rx C:\SRTM6.osm --s --merge --wx C:\OSM_mit_SRTM6.osm