scusami se rispondo solo a una parte delle domande. Al mio parere per mappare una fermata di bus è sufficiente il vecchio schema, highway=bus_stop alla posizione del palo (più attributi come shelter, bench, etc.). Se dici le fermate non ci sono più, vuol dire che non è più servita da una linea, oppure fisicamente non si trova più nulla? Nel primo caso la fermata va rimossa dalle linee (relazioni del tipo route) e volendo aggiungi disused=yes o simile, nel secondo caso puoi cancellare tutto.
Generalmente ti consiglio di lavorare con Josm perché ha il miglior supporto per le relazioni.
Per il gtfs, bisogna capire con quale licenza lo pubblicano (semmai), se non lo trovi chiederei direttamente al comune come hai pensato. Se c’è ci sono dei servizi per confrontarlo con OpenStreetMap, mi sembra Toni Erdmann fa girare degli script quotidianamente che segnalano differenze.
per le differenze di posizione delle fermate bisogna controllare bene perché non così raramente quelle di OpenStreetMap possono essere migliore.