wenn du in Josm arbeitest, wovon ich ausgehe, dann kannst du einen way auswählen und alle Multipolygone bei denen er Member ist werden dir unter den tags angezeigt.

Da kannst du auf das entsprechende Multipolygon doppelclicken und im Relationeditor der sich dann öffnet clickst du auf den Mülleimer. Da muss man glaub nochmal bestätigen, und dann ist genau das Multipolygon gelöscht, das du ausgewählt hattest.

In iD ist es soweit ich das gesehen habe (vor einiger Zeit) im Prinzip egal ob es ein Multipolygon ist oder ein normales Polygon, beide sehen gleich aus für den Mapper.