Период пропадания коррекций подозрительно похож на поведение сёрфа, что в своё время доставило мне кучу хлопот. Встроенные часы дрейфуют (и в uBlox, и в Тримбле), чтобы оставаться в заданных пределах регулярно поддёргиваются. Например я видел у некоторых плат Trimble от -0.5 мсек дрейфует в сторону 0.5 мсе, как только достигается это значение - дёргается обратно на -0.5. Это не страшно т.к. момент измерения всё-равно синхронизирован с GPS, но вот некоторым программам это не нравится, происходит срыв инициализации.
Посмотрите в своих ринексах не совпадает ли время сбоя коррекций с моментом перехода часов от +3 мсек обратно к -3 мсек.