Это нормально, у Сёрфа вообще 0.0 - 0.150 )))
Это всего-лишь внутренние часы. Есть два варианта сохранения ринекса - сырые данные, как их снял приёмник (ваш случай) и причёсанные, т.е. поправленные на уход часов.
При обработке бинарного потока можно вытащить dT из навигационного решения и поправить время, псевдодальности и фазу на это же значение перед записью в RINEX, естественно переведя в соответствующие единицы измерения - метры и фазы. Скорее всего в этом случае получится время, синхронизированное с GPS, т.е. с нулями в дробной части.