Сам файл в порядке, единственное 12-й и 13-й пакет после нажатия на ссылку открывают 11-й. Но это мелочи, комментарии можно оставлять, думая так будет удобнее, чем на форуме.
Сегодня прокомментирую проблемные места, есть важный момент:
https://osm.rocketdata.io/project/rus1_2607 DNS
Строка 258, здание по адресу: Пермский край, Губаха, улица Дегтярёва, 9Б
строка 589, здание по адресу: Нижний Новгород, Телеграфная улица, 53
и строка 1599, здание по адресу: Ростовская область, Белая Калитва, Вокзальная улица, 376А.
Вы собираетесь удалить всё здание целиком. Я в интернете не смог найти информацию о том, что эти здания снесли или планируют снести.
Если вы уверены, что эти здания снесены, то прошу исключить их из пакета, я бы хотел оставить сами здания (указав was:building=retail). Для меня это важно.
Если это просто магазин закрылся, но при этом само здание осталось на месте, то нужно удалить только теги, связанные с магазином (shop, name, opening_hours, operator, и контактные данные). Сам полигон и теги, связанные со зданием трогать не нужно.
А лучше вообще исключите их загрузки и скажите мне что сделать, я поправлю вручную. Так уж точно не накосячим. 
На будущее попросите своих программистов установить проверку: если Вы удаляете объект, в котором есть тег building=*, то исключайте его из выборки и обрабатывайте вручную.
