Weet niet of het wat help ik heb ditzelfde probleem meegemaakt met MapServer alles werd net een paar meter verkeerd geprojecteerd.

Dit hebben we opgelost door de definitie van RD-NEW 28992 in de epsg file aan te passen

dit was:
#<28992> +proj=sterea +lat_0=52.15616055555555 +lon_0=5.38763888888889 +k=0.9999079 +x_0=155000 +y_0=463000 +ellps=bessel +units=m +no_defs <>

en veranderd naar:
<28992> +proj=sterea +lat_0=52.15616055555555 +lon_0=5.38763888888889 +k=0.999908 +x_0=155000 +y_0=463000 +ellps=bessel +units=m +towgs84=565.2369,50.0087,465.658,-0.406857330322398,0.350732676542563,-1.8703473836068,4.0812 +no_defs <>

Waarschijnlijk is dit al bij jullie bekend maar dacht post het voor zekerheid toch maar even.