Meiner Erfahrung nach sind mehrere Routenvarianten für eine Richtung ein verhältnismäßig kleiner Mehraufwand. Wenn ich die Lücken von Linien schließen möchte, gehe ich mit JOSM wie folgt vor:
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längste Routenrelation heraussuchen
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mit Strg+A alle Elemente auswählen und dann mit JOSM-Sortierfunktion (vor-)sortieren
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Plausibilitätscheck für der sortierten Einträge
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prüfen, ob noch immer Lücken vorhanden (evtl. Ways ergänzen)
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gucken, welche Linienabschnitte sich überschneiden und diesen Teil aus nicht reparierten Relationen löschen
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Überschneidungen aus reparierter Relation mit Strg+Ziehen in die andere(n) Relationen kopieren
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Anpassungen an verschiedenen Linienästen (entfällt bei Verstärker-Relationen)
(in blau die zusätzlichen Schritte: einfaches Kopieren)
Momentan frage ich mich allerdings, was überhaupt der Vorteil darin ist, dass man die Ways in den Relationen ablegt. Was interessiert es den Nutzer, über welche Straße/welches Gleis man fährt? Wozu braucht man diese Info?