Wie @dieterdreist schon sagte: nein, in JOSM die Relation auswählen und löschen. Gegebenenfalls sollte man vorher den (aufwändigen) Schritt machen und alle Member-Stops/Platforms nach “descriptition”, “note”, “route_ref”, … prüfen, ob dort die ‘ref’ der Linie erwähnt wird.

PTNA orientiert sich am sogenannten PTv2-Proposal (in der hier verlinkten und beschlossenen Version 625726!), legt das Proposal aber an vielen Stellen strenger aus: Abweichungen und Besonderheiten.
Das Proposal selber sagt zu gemischten Linien nichts aus, somit nehme ich bei PTNA an, dass das nicht erlaubt ist.