Hola. Estuve viendo el tema y la causa fue que se movio la linea costera ( “natural=coastline”) que anteriormente recorria el borde interior de la ría, y ahora lo dejaron como solo en la boca de la ría, sin marcar como espejo de aguas el interior de la ria.

La solucion que aplique fue mapear el espejo de aguas como aguas interiores, con natural=water.
Con eso, en los zooms alejados no se va a ver la ria, pero si se va a renderizar en los zooms cercanos.

La otra opcion es volver a dejar la linea costera recorriendo el interior de la ria.