Ну, выглянул. Вот, к примеру, конвертер для navit требует теги is_in, которые вроде уже нигде не используются. И что? Мне теперь везде is_in вместо addr:region, addr:district писать? Да ещё и на двух языках…
Поломали - надо чинить. А не “представьте, что поломали, представьте, что удалили…”. Представьте, что у вас резинка в трусах завтра лопнет - подвяжитесь заранее шнурком 
А это уже косяки конвертера. Скорее всего, там старая версия конвертера. Возьмите другую карту. Вон, у меня (http://www.dimonster.w.pw/) населённые пункты чётко раскиданы по районам.
Да мало ли что может встретиться в карте, которую может править любой кому не лень. Не совпадает, не соответствует - ошибка. Исправляй.
Вон по Украине после старого импорта есть куча посёлков, где есть теги place и name на точке, а на полигоне ничего нет, кроме boundary.
А что, границами это никак не обозначить?