IMHO, проще “как есть”. Точка и полигон с одинаковыми тегами. Плюс на полигоне ещё и boundary=administrative, admin_level=8 (или какой там).
А точка всё же нужна. В навигаторе в зависимости от масшатаба отображается либо точка, либо полигон. А то, что на мапнике видны сразу и названия на полигоне, и название на точке - это косяк мапника. А может, и не косяк. Пусть будет. По крайней мере, можно визуально проверить, что название на полигоне и на точке таки присутствует, и оно одинаковое. Хотя, с другой стороны, лучше было бы, чтобы мапник проверял названия и прочие теги точки и полигона, и при их полном совпадении показывал бы только название на точке. А на полигоне либо не показывал, либо писал бы его вдоль границы полигона.
ну логично же, что если и точка, и полигон обозначают один и тот же населённый пункт, то addr:**** у них должны совпадать.
Впрочем, поскольку лёшин конвертер уже умеет автоматически привязывать населённые пункты к областям и районам просто по факту нахождения в границах области / района, то не вижу смысла в addr:**** на полигоне и точке населённых пунктов. Лишь бы границы были правильно обозначены.