osmosis для таких целей показался мне слишком медленным, поэтому написалось такое: https://sourceforge.net/p/pbfcut/code/1/tree/pbfcut.cpp (это C++11).
Собранная версия под Win x64 тут: https://sourceforge.net/projects/pbfcut/files/
Под linux тоже должно собраться, но проверять времени нет.
Вырезает по bbox-у с полными way-ями и relation-ми, метаданные выкидывает, пакует результат совсем минимально - чтобы быстрее было.
Если кому такое может пригодиться - пользйтесь.
