Вопрос с территории которую вы обрабатываете, может оказатсья, что josm не сможет отрыть ваш дамп. Тут конечно тоже возможно варианты. В любом случае запомните ID дорог для удаления.
Самый топорный, сконвертировать дамп в .osm (xml) и в тексте удалить эти дороги.
Хитрый это создать файл изменений (.osc) и накатить его на дамп.


  <delete>
    <way id="598360684" version="2" timestamp="2018-06-16T18:23:51Z" uid="644163" user="tren_sur" changeset="59897138"/>
  </delete>