Meine Osmosis-Aufrufe entsprechen so ziemlich denen von aighes. Nur die Pfade und Werte packe ich zumeist direkt in den Programmaufruf. Die Ordnerstruktur ist genauso wie bei aighes.

Ein Beispiel:
java -Xmx1G -cp .\osmosis.jar;.\lib\default\commons-logging-1.1.1.jar;.\lib\default\commons-compress-1.0.jar;.\lib\default\jpf-1.5.jar org.openstreetmap.osmosis.core.Osmosis --read-xml enableDateParsing=no file=.\germany_temp.osm --bounding-polygon file=.\harz_osmosis_poly.txt clipIncompleteEntities=true --write-xml file=.\harz_current.osm

Neben osmosis.jar sollten die von aighes und mir im Aufruf genannten drei Bibliotheken (commons-logging…, commons.compress…, jpf…) für die meisten Osmosis-Operationen ausreichen.

Der Vollständigkeit halber solltest Du zuerst aber mal Deine Java-Umgebung aktualisieren. Du hast Build 3, für Windows ist Build 20(!) aktuell, siehe http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp. Ich glaube zwar nicht, dass es daran liegt. Aber sicher ist sicher. Hier kann man dies aufgrund der vielen bekannten Sicherheitslücken veralterer Java-Versionen sogar wörtlich nehmen. Erst neuere Java-Versionen aktualisieren sich dabei im gleichen Ordner. Ältere bleiben ggf. parallel bestehen. Du solltest also erst die aktuelle Version herunterladen, dann die alte deinstallieren, danach ggf. den Rechner neu starten und erst als letztes die aktuelle Version installieren.