Ist es möglich das du die OSM Datei zuvor mit irgendwas bearbeitet hast? Also Version 9999 und action modify deuten daraufhin. such doch einfach mal in der OSM Datei nach diesen Knoten. Vielleicht wirst du dann fündig, das dort eine zweiter Version davon existiert.
Du hast nur einen Teil der OSM Datei veröffentlicht. action=modify und eine einheitliche Version=9999 deutet für mich daraufhin das diese Datei nicht von der API stammt. Als ersten Anhaltspunkt würde ich daher nach den dort aufgeführten IDs suchen, ob die einfach mehr als einmal auftauchen.
Ich hatte mit einem anderen Programm Probleme, das konnte nicht mit den von Josm nachbearbeitenden Dateien umgehen, weil dort negative IDs drin waren. Woran sich jetzt der Mapcreator stört weiß ich nicht. Aber er die Fehlermeledungs sagt das die Spalte ID nicht einzigartig ist. Sprich es gibt dort sehr wahrscheinlich Dopplungen, wenn die Fehlermeldung richtig ist.