Das ist richtig, osmconvert schreibt diesen Wert nicht. Es handelt sich um einen DEFAULT-Wert, Imposm sollte sich also nicht darauf verlassen, dass der optionale Wert auch in der Datei enthalten ist. Aus der PBF-Formatdefinition:

  // Granularity, units of nanodegrees, used to store coordinates in this block
  optional int32 granularity = 17 [default=100];

Hast du Kontakt zu den Imposm-Entwicklern? Der Fehler ist sicher relativ leicht zu beheben.