Не совсем понял про “проигнорировался”.
Что сделал:

  1. Действительно большую дорогу разбил на две через josm.
  2. Удалил ее часть
  3. Накатил изменения
  4. Из полученного нового файла вырезал
  5. открыл его снова в josm дорога на месте полностью