Если открыть poly файл в любом текстовом редакторе - это просто список пар координат точек. Каждый новый полигон, начинается с порядкового номера и заканчивается END, плюс END в конце файла и внутренние исключаемые области будут с минусом. В общем объединить можно в Notepad.