Очевидно, была нарушена целостность мультиполигона озера. Конвертер не виноват.

Если речь идёт о тех же выгрузках (гис-лаб), то waterway=ditch и waterway=drain конвертируются и выделены в особые типы.

P.S. Изменил порядок следования участников Онежского озера, теперь мультиполигон логически замкнут, проблема должна решиться.